John Malkovich jest jednym z najważniejszych aktorów współczesnego kina.
W 1976 roku był jednym z członków założycieli Steppenwolf Theatre Company w Chicago. Zadebiutował na Broadwayu w 1984 roku jako Biff w Śmierci komiwojażera, u boku Dustina Hoffmana (w roli Willy’ego). Za tę właśnie rolę otrzymał Nagrodę Emmy, gdy sztuka została zaadaptowana na potrzeby telewizji w 1985 roku.
Jego debiut w filmie fabularnym w 1984 roku, w roli niewidomego lokatora w Miejscach w sercu, przyniósł mu nominację do Oscara w kategorii najlepszy aktor drugoplanowy. Podziwiać go można było także w takich filmach jak Pola śmierci, Imperium słońca i Szklana menażeria. Prawdziwą sławę przyniosła mu w 1988 roku rola cynicznego wicehrabiego de Valmonta w Niebezpiecznych związkach.
W 1992 roku wystąpił jako Lennie w filmowej adaptacji Myszy i ludzi Steinbecka, obok Gary’ego Sinise’a (George). W 1994 roku otrzymał kolejną nominację do Oscara za film Na linii ognia. Zagrał także tytułową rolę w filmie Charliego Kaufmana Być jak John Malkovich. W 2002 roku wszedł na ekrany kin Tancerz, będący debiutem reżyserskim Malkovicha. Wśród najnowszych filmów aktora wymienić należy Autostopem przez galaktykę, Beowulf, Tajne przez poufne, Oszukana, Red 1 i 2, Niezwyciężony Secretariat, Wiecznie żywy, Hańba i The Giacomo Variations.
John Malkovich często współpracuje z austriackim reżyserem Michaelem Sturmingerem i dyrygentem Martinem Haselböckiem. Ich współpraca zaowocowała projektem teatralno-muzycznym The Infernal Comedy (Piekielna komedia), w którym Malkovich gra austriackiego seryjnego zabójcę Jacka Unterwegera, oraz The Giacomo Variations, gdzie wciela się (także śpiewając) w postać Casanovy. Spektakle zostały wystawione ponad 100 razy na całym świecie. Trzecie wspólne przedsięwzięcie – Just Call Me God dla aktora i organisty – będzie miało premierę w Hamburgu w 2017 roku, po której zaprezentowane zostanie w najważniejszych salach koncertowych świata.
